Hoạt động của cột chưng cất đòi hỏi phải nắm vững cân bằng vật chất, cân bằng hơi{0}}lỏng và cân bằng nhiệt.
Cân bằng vật chất đề cập đến nguyên tắc lượng vật liệu đi vào cột trong một đơn vị thời gian phải bằng tổng lượng vật liệu đi ra khỏi cột. Cân bằng vật chất phản ánh năng lực sản xuất của cột và chủ yếu được điều chỉnh bởi tốc độ cấp liệu và tốc độ xả trên và dưới. Trong quá trình vận hành, những thay đổi về cân bằng vật chất được phản ánh cụ thể ở mức chất lỏng ở đáy cột. Khi hoạt động của cột lệch khỏi cân bằng vật chất tổng thể, nó có thể được phản ánh qua những thay đổi trong chênh lệch áp suất của cột. Ví dụ, nếu nhiều vật liệu đi vào hơn là thoát ra, chênh lệch áp suất cột sẽ tăng lên.
Đối với cột chưng cất cố định, chênh lệch áp suất của cột phải nằm trong một phạm vi nhất định. Nếu chênh lệch áp suất quá lớn, tốc độ hơi tăng lên trong cột quá cao, dẫn đến sương mù bị cuốn theo nghiêm trọng và thậm chí gây ngập lụt, làm gián đoạn hoạt động bình thường. Nếu chênh lệch áp suất quá nhỏ thì tốc độ bay hơi trong cột quá thấp, làm giảm hiệu ứng truyền khối chất lỏng khí-trên các khay và thậm chí gây rò rỉ, làm giảm đáng kể hiệu suất của khay. Kiểm soát cân bằng vật liệu kém có thể dẫn đến hoạt động hỗn loạn của toàn bộ cột; nắm vững cân bằng vật chất là một khía cạnh quan trọng của hoạt động cột. Nếu sự cân bằng vật chất thông thường bị phá vỡ, nó sẽ ảnh hưởng đến hai sự cân bằng còn lại: sự cân bằng khí-lỏng sẽ không đạt được hiệu quả như mong đợi và sự cân bằng nhiệt cũng sẽ bị phá vỡ và cần được điều chỉnh lại.
